Летняя школа по биоинформатике собрала начинающих исследователей в области генетики, медицины, информатики

Фото: www.ifmo.ru
В конце июля в Петербурге состоялась четвертая Летняя школа по биоинформатике для студентов и молодых ученых. На событие съехались 100 участников из университетов по всей России. В течение пяти дней они работали над научными проектами, выступали на конференции с докладами, слушали лекции российских и зарубежных ученых-профессионалов. В этом году программа школы была сосредоточена на крайне актуальной теме – медицинской биоинформатике.

Школа была организована Институтом биоинформатики и Санкт-Петербургским Академическим университетом РАН. Сегодня технологии секвенирования развиваются и становятся все более доступными для применения в медицине, в частности, для ранней диагностики наследственных заболеваний и разработки лекарственных препаратов. Однако специалистов, способных обрабатывать и грамотно интерпретировать данные секвенирования, не хватает. Таким образом, с помощью Летней школы студенты могут узнать о последних новостях в области биоинформатики, познакомиться с методиками исследовательской работы в этой сфере, получить начальные навыки по решению практических задач в медицине и биологии.

Мероприятие стало самым масштабным в России в этой области. В нем приняли участие молодые ученые не только из РФ, но и из стран ближнего зарубежья. Более 20 человек получили гранты на обучение в Летней школе от спонсоров, в том числе студенты Университета ИТМО. 

Программа летней школы была рассчитана на людей, которые недавно стали заниматься биоинформатикой. Те, кто вообще ничего не знал в этой области до поездки на школу, могли заранее получить базовые знания по биологии и генетике с помощью специального онлайн-курса. Программа была разделена на две части в соответствии с компетенциями участников: один поток студентов занимался математикой и информатикой, другой – биологией и медициной. Группа медиков и биологов изучала программирование, статистику и методы анализа данных секвенирования, а группа математиков и информатиков изучала молекулярную биологию и генетику, а также методики применение машинного обучения в биоинформатике. Занятия проводились параллельно для двух групп участников в течение всей школы.

Молодые ученые, которые хотели полностью погрузиться в научную работу, смогли принять участие в разработке реальных проектов, которые были рассчитаны на разный уровень подготовки исследователей. Например, участники школы разрабатывали алгоритмы оценки соотношения раковых клеток к здоровым по сканам человеческой грудной ткани. Исследователи должны были выбрать лучшую методику для автоматического определения количества раковых клеток. В рамках другой научной работы начинающие ученые могли получить знания по методикам секвенирования генома, а том числе тех, которые подразумевают «расшифровку» только тех участков ДНК, которые кодируют белки. Именно в этой части генома мутации могут иметь самые тяжелые последствия для здоровья человека. Также участники школы узнали о методиках машинного обучения для определения аутоиммунных антител, которые приводят к одноименным заболеваниям. Эти заболевания, в свою очередь, сегодня связывают с возникновением болезни Альцгеймера. Анализ антител в сыворотке крови является перспективной диагностикой болезни. Разработчики этого проекта стали победителями конкурса в рамках Летней школы. Также участники занимались научной работой и по другим научным тематикам. Руководителями разработок выступали ведущие мировые ученые.

В качестве лекторов на школу были приглашены ученые из разных областей биоинформатики, медицины и биологии. Например, Елена Григоренко (Baylor College of Medicine, Yale University, University of Houston) рассказала об использовании разных типов полногеномного секвенирования для изучения типичных (нейротипичных) и нетипичных (нейронетипичных) траекторий развития. Андрей Афанасьев (CEO iBinom, сотрудник лаборатории функционального анализа генома МФТИ) выступил на летней школе сразу с несколькими лекциями о современном состоянии биоинформатического рынка и направлениях его развития, о биоинформатике в медицине. Дмитрий Фишман   (University of Tartu, Estonia) прочитал лекцию о работе мозга, о том, как обрабатываются различные сигналы от внешнего мира и как происходит принятие решений на основании полученной информации, об эволюции методов машинного обучения в изучении мозга и о применении Deep Learning в биоинформатике. Также на школе выступили Алла Лапидус (научный советник Института биоинформатики), Константин Оконечников (German Cancer Research Center), Александр Предеус (Институт биоинформатики) и другие ученые.

Также для участников школы прошла однодневная научная конференция. Студенты, аспиранты, сотрудники компаний выступили с докладами о молекулярном атласе человека, о возможностях компьютерного моделирования на основе нейронной сети, проанализировали влияние генетических факторов и курения на риск развития инфаркта миокарда с возрастом и многое другое.

В 2016 году школу поддержали компании JetBrains, BIOCAD, EPAM и Parseq Lab – резидент Технопарка Университета ИТМО. Четвертый год подряд мероприятие поддерживает «Российская венчурная компания», которая, в том числе, развивает проекты в области геномики и системной биологии. Университет ИТМО совместно с Институтом биоинформатики организует выездные семинары по системной биологии.

Наталья Блинникова ,

Редакция новостного портала Университета ИТМО

 
По теме
 
Жители Лондона употребляют так много наркотиков, известных своим белым цветом, что их остатки, попадающие через канализацию в водную артерию британской столицы, оказывают заметное влияние на фауну.
21.01.2019 Фонтанка
Виктория Стаценко Мужчина упал на глазах у публики 25-летний Мейсон Лоу, один из лучших наездников на быках в мире, погиб от травм, нанесённых ему во время выступления на глазах у всех зрителей.
21.01.2019 Metro Петербург
В это время друзья погибшего Никиты Сапежко собирают подписи против виновника ДТП [видео] Надежда ФАТКУЛЛИНА «Добрый, отзывчивый, талантливый, жизнерадостный», - так отзываются о Никите Сапежко его друзья и знакомые.
21.01.2019 Комсомольская правда
Прокатную заявку комедии о блокаде рассмотрят в Минкультуры - Петербургский дневник Глава Министерства культуры Владимир Мединский признался, что еще не смотрел фильм Фото: Кадр из фильма Черную комедию о блокаде «Праздник» Алексея Красовского, наделавшую много шума еще до выхода, могут допустить в прокат.
21.01.2019 Петербургский дневник
Дональд Трамп, архивное фото. Фото Getty - Metro Петербург Ксения Назарова Названы номинанты знаменитой антипремии Дональд Трамп попал в список номинантов антипремии "Золотая малина" в категории "Худший актёр", передаёт Hollywood Reporter.
21.01.2019 Metro Петербург
В меру поучительное путешествие двух разных людей, ставших друзьями вопреки общественному мнению Фото: кадр из фильма «Зеленая книга» Вручении премии «Оскар» состоится в конце февраля,
21.01.2019 Петербургский дневник
Как рассказал директор Исаакиевского собора Юрий Мудров, прошедший 2018 год оказался для музея-памятника «урожайным» Фото: Петербурсгкий дневник В Ризнице храма-памятника «Спас на крови» (Набережная канала Грибоедова,
21.01.2019 Петербургский дневник
Это долгожданное событие произойдет в клубе «Космонавт» Фото: предоставлено организаторами Борис Гребенщиков и «Аквариум» выступят с большой концертной программой «Песни и танцы Гипербореи».
21.01.2019 Петербургский дневник
Трамвай №16 изменит маршрут на час 25 января - Петербургский дневник На площади Стачек пройдет мероприятие в честь 75-летия снятия блокады Фото: Петербургский дневник В Петербурге в пятницу, 25 января, в связи с проведением торжественно-траурной церемонии,
21.01.2019 Петербургский дневник
На замену Паредесу: «Зенит» планирует подписать полузащитника сборной Хорватии - Петербургский дневник Милан Бадель в настоящий момент выступает за «Лацио» Фото: vk.com/laziale_page Петербургский футбольный клуб «Зенит» готов расстаться с аргентинским хавбеком Леандро Паредесом,
21.01.2019 Петербургский дневник
Корифей баскетбола Владимир Кондрашин, с которым дружил Платонов, в шутку сравнивал его с Лениным Фото: Архив Имя Вячеслава Платонова в нашей стране (и не только в ней) – синоним слова «волейбол».
21.01.2019 Петербургский дневник
Об этом находящийся в СИЗО футболист написал в письме болельщику. Фото: Игорь Руссак / MR7 Нападающий петербургского «Зенита» Александр Кокорин из СИЗО написал болельщику письмо,
21.01.2019 Мой район
Трамвай №16 изменит маршрут на час 25 января - Петербургский дневник На площади Стачек пройдет мероприятие в честь 75-летия снятия блокады Фото: Петербургский дневник В Петербурге в пятницу, 25 января, в связи с проведением торжественно-траурной церемонии,
21.01.2019 Петербургский дневник