Наиболее массовой формой научно-исследовательской работы студентов является участие в кафедральных научных кружках. В 2017/2018 учебном году в СПбГУП действовало 19 студенческих научных кружков, общее количество участников которых составило более 250 человек. Координирует научно-исследовательскую работу студентов Студенческое научное общество СПбГУП .
Результаты своих исследований студенты Университета регулярно представляют на конференциях и на конкурсах различного уровня.
Ежегодная студенческая научная конференция является традиционным форумом достижений студенческой науки Университета, проведено уже 25 таких конференции. В марте 2018 г. конференция проводилась с международным участием, на ней выступили студенты из вузов-партнеров: АТиСО (Москва), МУ «МИТСО» (Минск, Республика Беларусь). На конференции была организована работа 27 секций, представлено 488 докладов, на секционных и пленарном заседаниях конференции выступили 402 студента. Всего в конференции (в том числе в ее организации) приняли участие более 1000 человек (студентов, преподавателей и сотрудников Университета, гостей из вузов-партнеров).
В рамках XXVI Студенческой научной конференции был проведен Конкурс на лучшую студенческую научную работу в 2017/2018 учебном году. На ежегодный конкурс было представлено более 70 студенческих научных работ, по его итогам было определено 22 победителя , отмеченных дипломами и денежными премиям.
В 2017-2018 гг. студенты Университета приняли участие в 17 конкурсах/олимпиадах , проводимых внешними организациями, при этом общее число студентов СПбГУП, привлеченных к участию в них, составило более 100 человек. Среди них следует отметить конкурсы, проводимые по приказу федеральных/региональных органов исполнительной власти: